Tháng 8 năm 1959, tại Công đoàn cơ sở Học viện Nông lâm Hà Nội, Công đoàn bộ phận Khoa Thuỷ sản - tiền thân của công đoàn cơ sở Trường Đại học Thuỷ sản đã được thành lập.
Tháng 8 năm 1966, cùng với việc thành lập Trường Đại học Thủy sản, Công đoàn cơ sở Trường Đại học Thuỷ sản đã được thành lập, Công đoàn Trường trực thuộc Công đoàn Tổng cục Thuỷ sản.
Hiện nay, Công đoàn Trường Đại học Thuỷ sản (nay là Công đoàn Trường Đại học Nha Trang) là Công đoàn cơ sở trực thuộc Công đoàn Giáo dục Việt Nam, hoạt động tuân theo điều lệ của Công đoàn Việt Nam. Công đoàn Trường hiện có 670 công đoàn viên được tổ chức thành 24 Công đoàn bộ phận. Hàng năm, Công đoàn Trường đã kết nạp hết số cán bộ giảng dạy, cán bộ quản lý cũng như người lao động của Nhà trường vào tổ chức công đoàn.
Ban Chấp hành Công đoàn Trường có 13 uỷ viên được Đại hội lần thứ 21 bầu vào tháng 5 năm 2023. Ban thường vụ gồm 3 uỷ viên, 1 chủ tịch và 1 phó chủ tịch. Nhiệm kỳ của Ban chấp hành Công đoàn Trường là 5 năm.
Công đoàn Trường là một tổ ấm thực sự cho tất cả những người lao động trong toàn Trường. Luôn động viên, giáo dục công đoàn viên thực hiện nghiêm chỉnh đường lối, chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước; đồng thời, thực hiện tốt nhất các chủ trương, nhiệm vụ, công tác của Nhà trường, góp phần nâng cao đời sống vật chất, tinh thần của mọi cán bộ viên chức và người lao động; xây dựng Nhà trường và Công đoàn Trường ngày càng lớn mạnh về mọi mặt.
Công đoàn Trường Đại học Nha Trang đã qua 21 kỳ đại hội:
* Đại hội lần thứ I (1966) * Đại hội lần thứ XII (10/1994)
* Đại hội lần thứ II (1969) * Đại hội lần thứ XIII (03/1998)
* Đại hội lần thứ III (1972) * Đại hội lần thứ XIV (5/2000)
* Đại hội lần thứ IV (1975) * Đại hội lần thứ XV (11/2002)
* Đại hội lần thứ V (1978) * Đại hội lần thứ XVI (05/2005)
* Đại hội lần thứ VI (1980) * Đại hội lần thứ XVII (12/2007)
* Đại hội lần thứ VII (1983) * Đại hội lần thứ XVIII (05/2010)
* Đại hội lần thứ VIII (1985) * Đại hội lần thứ XIX (11/2012)
* Đại hội lần thứ IX (1988) * Đại hội lần thứ XX (12/2017)
* Đại hội lần thứ X (1990) * Đại hội lần thứ XXI (5/2023)
* Đại hội lần thứ XI (11/1992)